Πλένουμε και τρυπάμε τις μελιτζάνες. Τις ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180 βαθμούς στο αερόθερμο για 20 λεπτά. Σε ένα τηγανάκι που έχει κάψει με λίγο ελαιόλαδο σοτάρουμε το κρεμμύδι, το σκόρδο, την πιπεριά, το μπέικον και το κρέας. Σβήνουμε με το κρασί και προσθέτουμε την πασάτα, αλάτι, πιπέρι και θυμάρι. Προσθέτουμε λίγο νερό και συνεχίζουμε το βράσιμο μέχρι να μαλακώσει το κρέας και να δέσει η σάλτσα.

Αφαιρούμε τις μελιτζάνες από το φούρνο και τις χαράζουμε στη μέση χωρίς όμως να τις κόψουμε. Με ένα πιρούνι πιέζουμε το εσωτερικό της και γεμίζουμε με το μίγμα του τηγανιού. Κόβουμε το ταλαγάνι σε λεπτές φέτες και το απλώνουμε επάνω από το κρέας. Το βάζουμε στο φούρνο στο γκριλ για περίπου 10 λεπτά μέχρι να πάρει χρώμα.